Muchos se encontraron con un problema muy particular con estos dos actores (parezco periodista ), y es que, en WordPress, hay otra librería que usa la función $(), por lo que no se llama a la correspondiente de jQuery. Así que esto no funciona:

$(document).ready(function(){
  alert('test');
});

Esto se arregla muy facilmente, incluyan esta línea al principio de su script:

$j = jQuery.noConflict();

Y reemplacen cada $ que tengan en el código con $j (puede ser cualquier cosa precedida por $):

$j(document).ready(function(){
  alert('test');
});

Otra solución: simplemente reemplazar cada $ por jQuery:

jQuery(document).ready(function(){
  alert('test');
});

EDITADO. Recién estaba viendo la página de jQuery, y explican un par de métodos. Para no transcribirlo, pueden echarle un vistazo: Atajos para jQuery, en el caso de trabajar con otra librería (como Prototype).

Ahora dejen de llorar, arreglen sus scripts y sigan desarrollando.

PD: si no les carga jQuery (la librería, no hablo de los scripts), pongan esto en el functions.php de su theme.

function my_jquery_load() {
	if (!is_admin()) {
		wp_deregister_script('jquery');
		wp_register_script('jquery', '/wp-includes/js/jquery/jquery.js', false, '1.4.2');
		wp_enqueue_script('jquery');
	}
}
add_action('init', 'my_jquery_load');